Kallavedellä olevaan Vaajasalon saareen rakennettiin vuonna 1898 sairaala epilepsiaa sairastaville. Se oli rohkeaa työtä maallikoilta, sillä julkisen terveydenhuollon resurssit olivat käytännössä olemattomat. Sairaala oli tuskin nimen veroinen, mutta se kasvoi 178 potilaan instituutiksi jo ennen talvisotaa (1939-40). Taloudellinen tilanne oli pahimmillaan viiden sotavuoden aikana, mutta uudet erikoisterveydenhuollon lait, keskussairaalaverkoston kehitys 1960-luvulla ja uuden lääketieteellisen yliopiston rakentaminen varhaisella 1970-luvulla muuttivat vähitellen kaiken.
Neurologian osasto otti aktiivisen roolin neurologisessa kuntoutuksessa. Ensimmäiset sata potilasta leikattiin Neurokirurgian osastolla vuosina 1988-93, mutta resurssien taloudelliset faktat siirsivät pian kliinisen epilepsian tiimin yliopistolliseen sairaalaan. Siihen aikaan Vaajakosken sairaalalle menneinä vuosina tehdyt yksityiset lahjoitukset, lähinnä metsät ja viljelymaat, siirrettiin vuonna 1965 perustetulle Vaajasalon säätiölle, jonka päätavoite on tukea epilepsian hoitoa ja erityisesti tutkimustyötä.
Epilepsiaa sairastavien sairaala nousi arkkipiispa Johanssonin mailla jo oleviin tiloihin. Keisarillinen senaatti tuki aloitteellisuutta, ja maaherra oli johtokunnan ensimmäinen puheenjohtaja. Ensimmäiset viisi potilasta tulivat vuonna 1900; pari vuotta myöhemmin potilaita oli jo 30. Maataloutta rakennettiin sekä sijoitettujen potilaiden iloksi, hoidoksi että talouden tueksi, ja se tuotti yli 80 prosenttia hoidossa olijoiden ravinnosta kansalaissodan aikaan. Metsät sekä tasapainottivat lämmityskuluja että tuottivat myöhemmin suoraa tuloa. Rakennustyö jatkui kymmeniä vuosia niin, että talvisodan alla sairaalalla oli neljä erillistä rakennusta 176 potilastaan varten.
Viimeisenä valmistui Roinilan tila, joka liittyi kuopiolaiseen kulttuurihistoriaamme Minna Canthin kautta: talo oli paitsi näytelmän aihe, myös Minnan hallussa 1800-luvun lopulla. Sota-aika oli monella tapaa vaikea: potilasmäärä nousi siirtolaispotilaiden takia, hoitohenkilökuntaa ei saatu lisää ja sodan 240 000 haavoittunuttakin tarvitsivat hoitoa. Toisaalta epilepsian keskitetty hoito muuttui - Vaajasalo oli pian ainoa epilepsian laitosmaisen hoidon jäänne Suomessa. Myös hoito siirtyi pääosin mantereelle naisten sanatorion palon takia 1949, vaikka vasta 1954 Kallaveden kiertävä tie oli viimein saatu kuntoon ja lossikin aloitti.
Valtio oli maksanut Vaajasalon säätiön parantolarakennusten suunnittelun ja kustannukset ja avustanut toimintaa eri tasoilla, eri tavoin ja muuttuvin osuuksin. Varsinainen hoito perustui kuitenkin suomalaisen järjestelmän mukaan kunnallisiin potilasmaksuihin. 1960-luvun aikana raha-automaattiyhdistys tarjosi lisäavustusta, mutta oli selvää, ettei yksityinen epilepsiayhdistys voinut enää kauaa vastata taloudellisesti suuren sairaalan toiminnasta. Yhdistys oli kerännyt vuosikymmenien aikana laajan metsäomaisuuden ja myös osin lahjoituksina viljelysmaata. 15.9.1965 tämä omaisuusmassa säätiöitettiin käytettäväksi aikaisemman toimintaperiaatteen mukaisesti epilepsiapotilaiden hoidon ja epilepsian tutkimuksen edistämiseen. Ratkaisulla voitiin varmistaa, ettei syntyisi epäselvyyttä valtionavustuksissa, jotka olivat silloin ratkaiseva rahoituslähde sairaalatoiminnassa. Näin syntyi Vaajasalon säätiö."